Der überwiegende Anteil der Projekte wird in Forschungskooperationen mit in- und ausländischen Partnern erbracht. Vorallem bei EU Projekten ist die Zusammenarbeit ein Schlüsselfaktor des Erfolgs. Konkrete Kooperationen bestanden seit 2005 mit folgenden Institutionen - belegt durch gemeinsame Publikationen und Projekte:

Domestic (selection)

Prof. M. Müller, Institute for Animal Breeding and Genetics, University for Veterinary Medicine, Vienna (WWTF)
Institute for Meat Hygiene, -Technology and Food Science, University for Veterinary Medicine, Vienna (Internal funding)
Prof. J.  Köfer, Institute for Veterinary Public Health, University for Veterinary Medicine, Vienna (CD-MOFA, K-Project PVM)
Prof. M. Ehling-Schulz, Clinic for Ruminants and Herd Management, University for Veterinary Medicine, Vienna (BIOTRACER)
Prof. F. Allerberger, Dr. R. Nepf, Departments for Human Medicine and Food Science AGES (CD-MOFA)
Prof. J. Strauss, Fungal Genomics Lab, BOKU Vienna (WWTF)
Doz. Dr. A. Sessitsch, Austrian Institute for Technology, Seibersdorf (CD-MOFA)

International (selection)

Prof. M. Loessner, Food Microbiology Group, ETH Zürich (WWTF)
Dr. J. Hoorfar, Danish Technical University, Copenhagen (Food PCR, BIOTRACER)
Dr. B. Malorny, Bundesinstitut für Risikobewertung, Berlin (Food PCR, BIOTRACER)
Prof. J. A. Vazquez-Boland, Department for Clinical Veterinary Science, Edinburgh (FWF)
Prof. S. Smole, Biotechnical Faculty, University Ljubljana (ÖAAD, BIOTRACER)
Dr. G. Barker, Food Research Institute, Norwich (BIOTRACER)
Dr. K. Jordan, TEAGASC, Ireland (BIOTRACER)
Dr. A. Dahl, MPI Berlin (CD-MOFA)

Cooperations with Companies (selection)

Sylab GesmbH, Neupurkersdorf (Industry)
Agrana AG, Gmünd (Industry)
Merck KGaA, Darmstadt (CD-MOFA, K project PVM)
AGES GesmbH, Vienna (CD-MOFA, K project PVM)