An der von Maria Theresia 1765 gegründeten drittältesten Veterinärschule der Welt wurde im Sommersemester 1908 eine Honorardozentur für Milchhygiene eingerichtet, aus der 1920 das Institut für Milchhygiene und Lebensmittelkunde hervorging und das 1923 um das Fachgebiet Futtermittelkunde erweitert wurde. Im Jahre 2019 wurde das Institut für Milchhygiene in das neu Großinstitut für Lebensmittelsicherheit und Öffentliches Veterinärgesundheitswesen eingegliedert und in die Abteilung für Lebensmittelmikrobiologie umbenannt.

Die Abteilung für Lebensmittelmikrobiologie steht auf den drei Säulen der akademischen Würde:

• Exzellente Forschung unter Wahrung der Freiheit der Gestaltung im Bereich lebensmittelassoziierter, gesundheitsschädlicher Keime
• Praxisrelevante Lehre unter Berücksichtigung des letzten Standes des Wissens
• spezialisierte Dienstleistung im Sinne der Erhaltung der Gesundheit des Konsumenten

In diesem Sinne arbeiten (Stand 2021) etwa 25 PostDocs, Technicians und unterstützendes Personal an wissenschaftlichen Schwerpunkten zu Themen der mikrobiellen und chemischen Sicherheit von Lebensmitteln. Die Aktivitäten werden durch MitarbeiterInnen des Austrian Comptence Centers for Feed and Food Quality, Safety and Innovation ergänzt, an dem die Universität maßgeblich beteiligt ist.

Diese Forschungsgrundstruktur ist in ein Netzwerk von nationalen und internationalen Drittmittelprojekten eingebunden, welche die internationale Sichtbarkeit der Forschung ermöglichen (Kapitel Forschung und Forschungskooperation).  Das Ziel der Abteilung ist, durch Publikationen in den womöglich besten Journalen die Reputation in der „Scientific Community“ zu festigen. Die Institutsstrategie nimmt dabei auf die geforderte Vernetzung entlang der Lebensmittelkette Bezug. Wir bieten daher die interdisziplinäre Verschränkung der Aktivitäten mit anderen Universitäten und extrauniversitären Forschungs- und Risikobewertungseinrichtungen wie der Österreichischen Agentur für Lebensmittel und Ernährungssicherheit (AGES) an. Wir engagieren uns aber auch für fundierte Problemlösungen in Zusammenarbeit mit den verantwortlichen Behörden. Letztlich ist die Umsetzung unserer Forschung von der Akzeptanz der Ergebnisse in der Lebensmittelindustrie abhängig. Wir stellen uns daher unser Wissen für hochspezialisierte Dienstleistungen wie Produktumfelduntersuchungen und Kontaminationskettenabklärungen zur Verfügung. Wir organisieren Plattformen zur Wissensvermittlung, organisieren Fortbildungsveranstaltungen und referieren bei Fachtagungen zu aktuellen Problemen der Lebensmittelsicherheit.

Wer auf hohem Niveau forscht, kann einen ausreichenden Grad an Selbsterfahrungs- und Wissenshintergrund bezüglich relevanter Lehre anbieten. Eine exzellente Lehre ist die Hauptaufgabe einer Universität. Die Studierenden der Veterinärmedizin werden sowohl im Grundstudium wie auch im Vertiefungsmodul „Lebensmittelsicherheit und Öffentliches Veterinärwesen“ von den Mitarbeitern des Institutes in theoretischer wie auch praktischer Weise zu veterinärmedizinisch relevanten Themen entlang der Milchgewinnungs- und Verarbeitungskette ausgebildet (Kapitel Lehre). Die Lehrinhalte beginnen bei tiergerechtem maschinellem Milchentzug und enden bei der Qualität von Milch- und Milchprodukten. Weiters übernimmt das Institut Lehre im Fach Lebensmittelhygiene und -Mikrobiologie für andere Universitäten wie die Universität Wien und der FH OÖ.