Das Institut für Tierernährung der Veterinärmedizinischen Universität Wien, die sich aus der 1765 von Maria Theresia gegründeten „K.K. Pferde-Curen- und Operationsschule“ entwickelte, geht auf die im Jahre 1912 errichtete Honorardozentur für Fütterungslehre zurück.

Theodor Panzer wurde mit dieser Honorardozentur, neben seiner Lehrverpflichtung für Chemie, betraut. Nach dem Tode Panzers im Jahre 1923 wurde das Fachgebiet „Futtermittelkunde“ der 1920 errichteten Lehrkanzel für Milchhygiene und Lebensmittelkunde zugeordnet, deren Inhaber a.o.Prof.Franz Zaribnicky war. Im Jahre 1925 wurde Zaribnicky der Titel eines ordentlichen Professors verliehen und im Jahre 1928 wurde er o.Professor für Milchhygiene, Lebensmittel- und Futtermittelkunde.

Nach Berufung des langjährigen Mitarbeiters Zaribnickys Friedrich Münchberg im Jahre 1955 zum Ordinarius wurde für das Institut die dem Lehr- und Forschungsgebiet entsprechendere Bezeichnung „Lehrkanzel und Institut für Tierernährung, Milchhygiene und Lebensmittelkunde“ beschlossen, da nicht nur Futtermittelkunde, sondern auch die Grundzüge der Ernährungsphysiologie, Futtermittelhygiene, spezielle Fütterungslehre und Fütterungstechnik gelehrt wurden.

Infolge der Ausweitung der einzelnen Fachgebiete wurde nach der Emeritierung Münchbergs das Institut geteilt. Auf das neu errichtete Institut für Tierernährung wurde im Frühjahr 1971 Hermann Zucker und nach dessen Rückkehr nach München 1975 Josef Leibetseder als Ordinarius berufen.

Da Josef Leibetseder auch Lehr- und Forschungsaufgaben auf dem Gebiet der Ernährung des Menschen wahrnahm, wurde das Institut 1978 in „Institut für Ernährung“ umbenannt.

Im Herbst 2002 übernahm Jürgen Zentek die Leitung des Instituts. Bedingt durch die Annahme des Rufes an die freie Universität Berlin im April 2005 ist er nur noch in reduziertem Ausmaß in Wien tätig.

Als supplierender Leiter wurde Josef Troxler (Leiter des Instituts für Tierhaltung und Tierschutz) eingesetzt.

Seit Oktober 2010 ist mit Qendrim Zebeli als neuer Institutsleiter der Schwerpunkt "Ernährung der Nutztiere" am mittlerweilen wieder in Institut für Tiererährung umbenannten Institut verstärkt vertreten.

Beginnend mit Oktober 2012 und der Emeritierung von Chlodwig Franz, Vorstand des Instituts für Angewandte Botanik und Pharmakognosie, kommt es zu einem Zusammenschluß der beiden Institute unter dem Namen "Institut für Tierernährung und funktionelle Pflanzenstoffe" unter der Leitung von Qendrim Zebeli.