Leitung am KLIVV: Steve Smith, PhD

Welche Managementmaßnahmen werden angesichts von Krankheiten und anderen Bedrohungen sowohl die menschliche Lebensgrundlage als auch die Gesundheit von Vicuñas und Guanacos fördern?

Die Ecological Genomics Group führt dieses Projekt im Rahmen einer Kooperation mit dem WCS im Rahmen des Shared Earth Grant durch. Das Projekt zielt darauf ab, genomische Werkzeuge für die Untersuchung der Populationsdynamik in Sarcoptes-Milben zu entwickeln.

Räude ist eine globale ansteckende Hautkrankheit, die die Gesundheit und das Wohlbefinden von Wildtieren, Nutztieren und den Menschen, deren Lebensunterhalt von ihnen abhängt, bedroht. Bolivien und Peru haben die größten Vicuña-Populationen und scheinen stark von Räude betroffen zu sein. Vicuña sind wesentliche Bestandteile der Nahrungskette der Anden, und ihre Ausrottung würde das Ökosystem dramatisch verändern. Klimawandel, Lebensraumverlust, Weidekonkurrenz mit Nutztieren und fehlende transparente Regelungen zum legalen Faserhandel drohen das Problem zu verschärfen. Das Projekt strebt ein ganzheitliches Verständnis von und neuartige Bekämpfungsstrategien für Räude an, die die Risiken für die öffentliche Gesundheit und die Gesundheit des Ökosystems mindern sollen.

Unser Projekt gliedert sich in drei Hauptaufgaben.

Teilaufgabe 1.1

• Verbesserte DNA-Qualität und Ausbeute aus kleinen Ausgangsmaterialien für Next-Generation-Sequencing (NGS)-Methoden.
• Testen von kundenspezifischen und kommerziellen DNA-Extraktions- und -Reinigungskits
• Whole Genome Amplification (WGS)-Techniken
• Degeneriertes Oligo-Priming (DOP)
• Rolling-Circle-Verstärkung (RCA)

Teilaufgabe 1.2

Vollständige mitochondriale Genomsequenzierung von Sarcoptes-Milben

• Studien mit einzelnen Mitogenen mangelt es an Spezifität für eine nützliche Identifizierung der Quellpopulation
• Die vollständige mtDNA-Sequenzierung über die Oxford-Nanoporensequenzierung stellt eine praktikable Option dar

um die benötigte Auflösung zu erreichen

Teilaufgabe 1.3

Reduzierte Repräsentationssequenzierung (RRS) zur SNP-Identifizierung und Genotypisierung

• Genotypisierung für feinskalige Populationsstrukturanalysen und Schätzungen des Genflusses
• Analyse der genetischen Parameter der Quellpopulation

Homepage des Science for Nature and People Partnership Projekts

Projektlaufzeit bis Juni 2023