Die Mitarbeiter des Instituts bearbeiten gemeinsame Forschungsprojekte mit fast allen Instituten und Kliniken der Veterinärmedizinischen Universität Wien. Darüberhinaus bestehen nationale und internationale Kooperationen:

national

• Institut für Limnologie der Österreichischen Akademie der Wissenschaften
• Universität Wien
• Institut für Geschichte
• Österreich Institut für Klassische Archäologie
• Österreich Institut für Kulturgeschichte der Antike

• Leopold-Franzens-Universität Innsbruck
• Institut für Archäologie,  ATRIUM - Zentrum für Alte Kulturen
• Österreich Institut für Ur- und Frühgeschichte sowie Mittelalter- und Neuzeitarchäologie

• Institut für Klassische Archäologie der Universität Salzburg
• Naturhistorisches Museum Wien
• Tiergarten Schönbrunn

international

• Medizinische Fakultät Pilsen, Karlsuniversität Prag, Tschechische Republik
• Paul-Ehrlich-Institut, Langen, Deutschland; Abteilung Medizinische Biotechnologie