Im Bereich der Ausbildung von Tierärzten zählt die Lehre von den chemischen Vorgängen im Organismus neben der Lehre der Anatomie zu den ältesten Unterrichtsgegenständen in „theoretischen Fächern“ (nicht unmittelbar ärztliche Behandlung)  an der tierärztlichen Ausbildungsstätte in Wien. So wurde bereits 1808 Waldinger (Adjunkt und Apotheker) der Titel eines „Lehrers der Chemie“ verliehen. Die Ausbildung in diesem Fach blieb weiterhin ein wichtiges Anliegen der Universität und Buchmüller schrieb ein „Handbuch der Chemie für angehende Tierärzte und Ökonomen“. Dass in der damaligen Zeit das Verständnis für chemische Vorgänge im Organismus eng mit dem Verständnis speziell der internen Medizin verknüpft war  zeigt, dass Röll seit 1849 neben der Internen Medizin auch Chemie lehrte.  Das chemische  Wissen wurde weiterhin als für Tierärzte wichtig angesehen und so veröffentlichte der seit 1851 an unserer Schule tätige Bruckmüller 1854 das Buch „Anfangsgründe der Chemie für Tierärzte“.  Das zunehmende Wissen speziell in der organischen Chemie führte dazu, dass Moser 1871 die Vorlesung in den Bereich allgemeine Chemie und organische Chemie teilte.

Ab 1893 wurde dann Chemie gemeinsam mit der Physiologie unterrichtet, bald aber wieder als eigenständiges Fach angesehen und so erfolgte die Errichtung einer „Lehrkanzel für Zoochemie“.

Es bestand ein reger Austausch mit der Universität Wien und sowohl die Lehrkanzelinhaber Panzer (ab 1908) sowie Jansch (ab 1923) kamen von der Medizinischen Schule der Wiener Universität.

Ab 1951 führte Prof.Zacherl (ein Schüler des Nobelpreisträgers Pregl) das Institut.  

Das Institut wurde dann um 1970 in ein Institut für Medizinische Chemie und ein Institut für Biochemie geteilt und Prof.Stöckl wurde die Leitung des neuen Institutes übertragen. Die Führung der Institute erfolgte später von Prof.Weiser (Chemie) und Prof.Bamberg (Biochemie). In der Nachfolge Prof.Weiser übernahm Prof.Gemeiner die Leitung des Instituts für Chemie, nach der Pensionierung von Prof.Bamberg wurde Prof.Schwarzenberger interimistischer Leiter des Instituts für Biochemie (ab 2008 Abteilung für Biochemie). Die beiden chemischen Institute wurden dann unter dem Namen „Institut für Chemie und Biochemie“ zusammengelegt, wobei die Abteilung Aquatische Ökotoxikologie (unter der Leitung von Prof.Grillitsch) ebenfalls Teil des neuen Institutes wurde. Auf Vorschlag der Institutsangehörigen erfolgte 2012 die Umbenennung des Instituts in „Medizinische Biochemie“. Ebenfalls 2012 wurden auf Beschluss des Rektorates die Abteilungen aufgelöst.

Nachdem Prof.Gemeiner mit 30.09.2013 in den Ruhestand übergetreten ist, unterstand das Institut für Medizinische Biochemie der interimistischen Leitung von Prof.Müller (Tierzucht und Genetik).

Mit 1.1.2018 übernahm Prof.Grebien die Institutsleitung.