Erkrankungen des Magen-Darmtraktes, insbesondere Koliken, gehören zusammen mit den Atemwegserkrankungen zu den häufigsten internistischen Erkrankungen der Pferde. Der Entscheidung, wie eine Kolik behandelt wird, geht eine ausführliche Untersuchung voraus, welche in jedem Fall eine transrektale Untersuchung und das Einführen einer Nasenschlundsonde einschließt. Meist gelingt es, die Tiere mit einer medikamentösen Behandlung zu heilen. Lediglich etwa ein Viertel der mit einer Kolik vorgestellten Pferde müssen operiert werden. Eine früh einsetzende Therapie kann oft eine Operation vermeiden. Abmagerung auf Grund von Darmerkrankungen und Magengeschwüren sind andere Problemfelder der Internen Medizin. Auch Leberkrankheiten werden zu den Erkrankungen des Magendarmtrakts gezählt und werden durch weiterführende Untersuchungen diagnostiziert.